Í fyrstu reglugerð skólans, frá 1872, er nátturufræði ekki skyldunámsgrein í almennri kennslu fyrir ófermd börn, en heimilt er ef aðstæður leyfa, að veita þeim tilsögn í landafræði og að auki náttúrusögu í „sérstakri kennslu“ fyrir fermd börn. Í reglugerð skólans frá 1912 segir að kenndar skuli 3 vikustundir í náttúrufræði og 3 í landafræði og eftir það er prófað í þessum greinum. Í ágúst 1916 bókar skólanefndin að eðlisfræðiáhöld o.fl vanti við skólann og samþykkir að bæta þar úr.
Myndin er af náttúrufræðibók Bjarna Sæmundssonar (4. útg. 1909) sem kennd var í skólum landsins í hálfa öld. Þar er fræðsla um eðlisfræði, grjót, dýr, plöntur og mannslíkamann. Sumir kennarar flettu gjarna fram hjá blaðsíðunum um æxlun mannsins.
Menntamálaráðuneytið samþykkti 1968 áætlun um eflingu eðlis- og efnafræðikennslu fyrir 11-16 ára unglinga. Árið 1970 var hafin tilraunakennsla, útgáfa námsefnis, sala kennslutækja og námskeið fyrir kennara. Sumir í Vatnsleysustrandarhreppi voru fljótir að kveikja á perunni, eins og sjá má á svohljóðandi bréfi dags. 11. mars 1970: „Til hreppsnefndar Vatnsleysustrandarhrepps. Í tilefni þess að Verkalýðsfélag Vatnsleysustrandarhrepps varð 25 ára gamalt 29. desember síðastliðinn, ákvað félagið á aðalfundi 7. mars síðastliðinn, að færa Brunnastaðaskóla að gjöf kennslutæki í eðlis og efnafræði. Kennslutæki þessi hafa þegar verið keypt og afhendast hér með skólanum til eignar. Vogum, 11. mars 1970. Fyrir hönd Verkalýðsfélags Vatnsleysustrandarhrepps. Jón Bjarnason, formaður.“ Pétur G Jónsson oddviti þakkaði fyrir hönd hreppsins og lagði til að skólanefndin sendi verkalýðsfélaginu viðurkenningu með þakkarorðum.
Í fyrsta áfanga Stóru-Vogaskóla 1979 var aðstaða til að kenna náttúrufræði og í þriðja áfanganum frá 2005 er vel búin náttúrufræðistofa. Umsjónarkennarar kenna yngri bekkjum náttúrufræði en frá 2000 hafa líffræðingar kennt mið- og unglingastigi. Um árabil spreytti 7. bekkur sig á krufningu brjóstholslíffæra úr svínum, en þeim svipar mjög til líffæra mannsins. Myndin er úr slíkum tima árið 2008. Nemandinn fyrir miðju kennir nú íþróttir við skólann.
Halla Jóna og Særún tóku saman á 10. áratugnum hugmyndir að útivestarferðum í nágrenni skólans. Farið var gangandi frá skólanum í sumar ferðirnar og á skólabílnum á fjarlægari staði, svo sem í Lambafellsgjá, Keili, sleðaferðir á Svartsengisfell og skautaferðir á Seltjörn.
Halla fékk gamlar konur til að mæta í tíma og kenna handbragð og lét börnin banka upp á hjá eldri íbúum til að gleðja þá, segja eitthvað fallegt eða gefa smá gjafir. Börnin gerðust litlir leiðsögumenn og undirbjuggu að segja frá ákveðnum stöðum. Helga Ragnarsdóttir kom með hesta og teymdi undir og fleira mætti nefna.
Árið 1988 hófu skólarnir á Suðurnesjum uppgræðslu- og gróðursetningarátak í maímánuði, sem nefnt var Vordagar Vigdísar til heiðurs þáverandi forseta. Yngstu nemendur Stóru-Vogaskóla hafa nær öll ár síðan sáð grasfræi og áburði og grætt þannig upp moldarflög í nágrenni þéttbýlisins. Lengst af hefur Landgræðslan lagt til áburð og grasfræ. Nemendur á miðstigi hafa gróðursett trjáplöntur frá Yrkjusjóði - hin síðari ár við Háabjalla - og gera enn á hverju vori í umsjá Skógfells. Skólinn fékk landgræðsluverðlaunin 2014. Myndin sýnir nemendur gróðursetja birki vorið 2007.
Síðastliðinn áratug hefur skólinn tekið þátt í grænfánanum, alþjóðlegu umhverfismennta-verkefni. Þá er valin umhverfisnefnd skipuð kennurum og nemendum sem markar umhverfis-stefnu skólans. Grænfáninn er viðurkenning til skóla sem vinna að sjálfbærnimenntun á einhvern hátt. Á myndinni er umhverfisnefndin 2014. Nemendur skipa meirihluta nefndarinnar.
Frá því að Fræða/þekkingarsetrið í Sandgerði kom til 1996 er það heimsótt nær árlega og unnið með fugla, spendýr og sjávarlífverur. Neðsta myndin tekin í heimsókn þar 2008. Einnig var þáverandi Sæfiskasafn í Höfnum oft heimsótt fyrsta áratug 20. aldar.
Stóru-Vogaskóli tók árin 2000 – 2003 þátt í GLOBE, fjölþjóðlegu vísinda- og kennsluverkefni af bandarískum rótum, þar sem nemendum í yfir 100 löndum rannsaka og mæla vissa þætti í umhverfinu og lífríkinu og skrá í gagnagrunn á netinu. Nemendur mældu reglulega og skráðu veður og nokkra eðlisþætti í Vogatjörn og í sjónum, og fylgdust auk þess með vorkomu með því að skrá hvenær brum á trjám opnuðust. Hápunkturinn var viku ferð eins kennara og fjögurra nemenda í 8. bekk á vísindamót í Eistlandi í nóv. 2001, þar sem 8 lönd tóku þátt. Þar þurftu nemendur m.a. að flytja erindi á ensku um það sem þeir voru að gera. Þrír þessara kraftmiklu ungu nemenda voru að stíga á erlenda grund í fyrsta sinn.
Skólinn er þannig staðsettur að auðvelt er að stunda fjölþætta útikennslu í náttúrufræði. Sand- og klettafjara og tjörn er nánast við húsvegg og stutt í móa og gróin hraun. Guðrún Kristín Ragnarsdóttir, sem kennt hefur náttúrufræðin frá 2017 segir svo frá: „Mér finnst alltaf eitt af skemmtilegri verkefnunum að vinna þemaverkefni með 6. bekk um lífríki Vogatjarnar. Þar bý ég svo vel að hafa ýmislegt frá þér (ÞÖ) til að vinna með. Krakkar telja sig þekkja Vogatjörn ágætlega og hafa flest veitt þar hornsíli og gaman að fylgjast með þeim uppgvöta hulinn heim hins smásæja lífríkis í vatninu. Við byrjum á að skoða gróðurfarið og nota greiningalykla til að kynnast helstu plöntunum. Svo útbúum við ferskvatnsker í fiskabúri sem við höfum í stofunni og vekur ávalt athygli í öllum bekkjum. Farið er í vettvangsferðir og sýnum úr lífríki tjarnarinnar safnað í fiskabúrið og krukkur. Svo er það rannsóknarvinnan. Það kemur margt í ljós þegar nánar er skoðað í fiskabúrið, hornsíli sýkt af bandormum, sprækar brunnklukkur og tjarnatítur, lirfur, blóðsugur og smákrabbadýr. Það er skemmtilegt en einnig krefjandi að lofa nemendum að leika lausum hala í rannsóknarvinnunni og verða forvitin og vinna með víðsjár og rafræna smásjá til að ná myndum. En ég hef séð breytingar á lífríkinu undanfarin ár. Hornsílum hefur fækkað gríðarlega og í sumum vettvangsferðum sjáum við engin. Krakkarnir hafa ýmsar kenningar varðandi það eins og mengun.“ Myndin sýnir Vogatjörn ísi lagða.
Heimildir: Bréf frá Verkalýðsfélagi Vatnsleysustrandarhrepps, fræðslumálaskrifstofunni, hreppsskrifstofu o.fl. Reglugerð skólans frá 1872. Gjörðabók skólanefndar, árið 1912. Fundagerðarbók Skólaráðs 1984 – 2001. Grein um Vordaga Vigdísar. Umhverfisstefna Stóru-Vogaskóla. GLOBE-verkefnið. Virkjum vísindin, Víkurfréttir 12.06.2008. Frásagnir Höllu Jónu Guðmundsdóttur, Særúnar Jónsdóttur og Guðrúnar Kristínar Ragnarsdóttur.
Hér á eftir er mynd af einu af veggspjöldum um hnattræna hlýnum sem nemendur í 10. bekk unnu 2011. Allra síðast er svo mynd af nemendum sem Halla og Særún virkjuðu til að sá og bera á moldarflög við Víkurhóla upp úr 1990. Þau moldarflög eru nú algróin.